La obra está dividida en 33 capítulos numerados y nominados.

Sinopsis: Pepe Rey llega a la "salvaje" Orbajosa, "pueblo enano y por eso soberbio feudo donde impera la viuda doña Perfecta, su tía paterna.

Pepe Rey, ingeniero de 34 años, se dirige allá para conocer a su prometida Rosario, hija única de doña Perfecta, quien tiene fama de dama muy virtuosa, y a tomar posesión de Los Alamillos de Bustamante, tierras fértiles que había heredado de su madre.

Aquel casamiento había sido idea del padre de Pepe Rey, lo que aprueba y comparte doña Perfecta.

Cuando el joven llega al pequeño pueblo, su tía y Rosario lo reciben con muestras sinceras de cariño y agrado. Su venida, en cambio, no es bien acogida por el canónigo de la catedral, don Inocencio, consejero espiritual de doña Perfecta y asiduo tertulio de su casa.

Este malestar y antipatía se deben a que la sobrina del canónigo, María Remedios, es madre de Jacintillo, flamante abogado al que ambos pretenden casar con Rosario.

Don Inocencio, conservador y ortodoxo, choca de inmediato con las ideas progresistas de Pepe Rey y se las ingenia para que el joven también entre en puma con las convicciones ultraclericales de su tía y con las de otros lugareños desconfiados y supersticiosos, hostiles y soberbios como la mayoría de los habitantes de Orbajosa, en quienes predomina un criterio arcaico y cerrado frente a la ciencia y al progreso que defiende el joven ingeniero.

RESUMEN DOÑA PERFECTA - Benito Perez GaldosEntonces, el canónigo y doña Perfecta entablan contra Pepe Rey una guerra sorda e hipócrita, cuyo pretexto es el supuesto ateísmo que le atribuyen, sin que aquél haya dado motivo alguno para semejantes acusaciones.

Ambos fomentan intrigas y escándalos, pleitos entre Pepe Rey y los colindantes de sus tierras, murmuraciones en su contra, destitución del cargo oficial que éste trae, expulsión de la catedral por supuestas irreverencias, hasta que doña Perfecta termina por recluir a Rosario en su habitación para que no pueda verse con su prometido.

Finalmente echa a éste de la casa porque "era una inmunda gusanera de pleitos.

"Pepe Rey, que ama verdaderamente a Rosario y es correspondido por ella, pese a sentir cruelmente la pugna entre su amor, su fe y su deber de hija, está decidido a casarse con la joven, aunque doña Perfecta se oponga.

Para tratar este asunto y ponerse de acuerdo con su prometida, acude a verla a medianoche. Pero la terrible tía es avisada de esta visita por María Remedios, quien ha estado espiando al ingeniero.

Dominada por el odio y la ira, la viuda ordena a Caballuco, encargado del correo y cacique del lugar, que mate al joven, y éste ejecuta la orden de inmediato.

Para ocultar el asesinato, se divulga la idea de que Pepe Rey se ha suicidado, pretexto esgrimido por el clero para negarle cristiana sepultura.

Enterada de estos trágicos sucesos, Rosario enferma de dolor y angustia, para finalmente enloquecer, y como su mal es incurable, la recluyen definitivamente en una casa para enfermos mentales.