La novela cuenta dos historias paralelas: la de Juan Hidrovo, marinero ecuatoriano que se ha quedado sin trabajo en Nueva York, y la de María del Socorro Ibáñez, su mujer quien vive en Guayaquil empleándose en ocasiones como lavandera y en otras como cocinera privada.

En Estados Unidos corren los tiempos de la crisis y la ley seca.

La multitud de obreros desempleados pugna por organizarse para luchar contra los empresarios y Juan se integra al movimiento.

En una manifestación, pierde a su mejor amigo, el venezolano Claudio Barrera. Al buscar a los demás participantes, se da cuenta de que los han descubierto y debe abandonar el país.

Trata de tomar parte en el contrabando de alcohol pero lo rechazan por haberse mezclado en política. Al verse acorralado, emplea sus exiguos ahorros para sobornar a un empleador de marinos y se embarca rumbo a Ecuador.

María del Socorro, por su parte, ha debido enfrentar los abusos de su tía, una alcohólica que la explota sin miramientos, y de doña Florencia, su ex ama, de cuya casa salió para seguir a Juan.

Encuentra trabajo como cocinera en casa de una familia que la acoge bien pero, por atender a su tía, descuida el empleo y lo pierde.

Lo mismo sucede con el poco dinero que Juan había conseguido enviarle.

Ella enfrenta los desmanes de doña Florencia, quien la ha vuelto a emplear como lavandera, y de Ángel Mariño, esposo de ésta, contratista de obras de ingeniería.

Cierto día, la señora Mariño pide a su empleada que vaya a cobrar su salario a la oficina de su marido.

María del Socorro va, pero al no encontrarlo deja las señas de su domicilio.

Ángel aprovecha el pretexto para ir él mismo a pagarle. Se presenta en casa de la lavandera y la viola.

Después de esa noche, el amo irá repetidas veces a visitarla, dejándole siempre un pago miserable por sus "servicios"; incluso invita a uno de sus amigos, a que vaya también a casa de la muchacha.

María del Socorro recibe carta de Juan donde éste le avisa su próxima llegada, por lo que la joven se enfrenta a Mariño y lo expulsa de su casa. Él, en respuesta, hace que su mujer la despida.

El infortunio que Juan y María llevan sobre sí no disminuye. A su regreso de Nueva York, Juan no logra encontrar trabajo y está a punto de participar en un robo. Mana ha vuelto a emplearse como cocinera en la casa donde una vez sirvió, y de este modo evita que su esposo se desespere.

Tiempo después, Juan logra un trabajo en la construcción de un muelle, lo que le dará la posibilidad de cumplir las prescripciones del médico en relación con María, porque ella ha dado a luz y está muy enferma. Irónicamente, le han recomendado seguir una dieta a base de carne, leche y huevos, y viajar a la sierra para cambiar de aire.

Una vez más aparece en su vida Ángel Mariño, contratista de la obra donde trabaja Juan. María, con el niño en brazos, acude al muelle en busca de su marido. Al verla allí, con un hijo, el viejo la insulta y le pregunta el nombre de su marido.

En cuanto ella se lo dice, Mariño da la orden para que Juan sea despedido. La escena final muestra a María, con su hijo en brazos y ya sin esperanzas, mirando el mar que arrastra hojas secas.

A pesar de la amplitud geográfica de los escenarios en que se mueven los personajes de esta novela, la historia se centra sólo en unos pocos, motivo por el cual se ha calificado El muelle como "la novela del trópico mestizo, del trópico litoral, de la realidad mestiza de la costa ecuatoriana".

Este hecho intensifica la denuncia social que impregnan el libro, al exponernos la insoportable situación que se ven obligados a soportar los trabajadores ecuatorianos, dentro y fuera de su país y, por extensión, las humillaciones de todo tipo a que la mayoría de ellos, en cualquier lugar, son sometidos por parte de sus patrones.

Dramáticamente, la historia de Juan Hidrovo y su mujer parece confirmar que no hay salida posible para el doloroso laberinto de lapobreza y el desempleo.

Al mismo tiempo, se plantea la necesidad de extirpar con urgencia a todos los Mariños, como si fueran un cáncer malsano.