Dos guardias civiles, el cabo Lituma (criollo, porteño) y su adjunto Tomás Carreño (indio, serrano), están de servicio junto a una aldea llamada Naccos, bajo la amenaza del Sendero Luminoso.

Asustados, y a través de su estrecha amistad, conversan sobre sus vidas sentimentales: Tomás Carreño cuenta su vivencia con su amada Mercedes.

Mientras tanto, investigan tres desapariciones, posiblemente asesinatos:

-el albino, Casimiro Huarcaya. No queda claro si lo mató Asunta, guerrillera del Sendero, que fue en unas fiestas embarazada y despreciada por él, o si lo mató algún brujo.

Al final se desvelará que fue esto último.

-El mudito, Pedrito Tinoco, ayudante de los guardias civiles, cuidador de las vicuñas del parque nacional, torturado por el teniente Pancorvo, y luego desaparecido.

-El alcalde de Andamarca, Demetrio Chanca, cuyo verdadero nombre era Medardo Llantac, que se salvó de la matanza y luego desapareció.

RESUMEN LITUMA EN LOS ANDES - Mario Vargas Llosa A la vez, van aconteciendo los golpes o actividades del Sendero, que son los principales sospechosos de las desapariciones para los guardias civiles, aunque saben que cualquier acción contra ellos sería inútil, porque son muchos y van armados:

-secuestro de los turistas franceses, paliza y asesinato de ambos;

-matanza de las vicuñas de la reserva, aprovechándose de Pedrito Tinoco, que neciamente les facilita el acceso;

-invasión de la localidad de Andamarca, juicios y sentencias

–asesinatos de gente desarmada, obligan a matarse entre familiares… Confusión de la gente, que se dejan llevar, y dejan los cadáveres insepultos;

-secuestro y asesinato de la señora d’Harcourt y el ingeniero Cañas, en su expedición a un parque nacional –bosques de queñua;

-asalto a la mina de plata de La Esperanza, robo de explosivos. Consigue salvarse el doctor Paul Stirmsson, “Escarlatina”, quien da a Lituma valiosa información sobre brujería y supersticiones.

Constantemente se intercala la narración de la historia de Carreño con Mercedes. Montando guardia, un día, en una casa donde su “jefe” estaba trabajándose a una prostituta, a la que también estaba pegando por placer, decide entrar y matar a ese traficante, el Chancho, y huir con la chica (en realidad ella lo sigue, voluntariamente al principio, porque sabe que la pueden acusar de cómplice).

Carreño se enamora perdidamente de ella, con quien hace el amor por vez primera, y a quien protege celosamente de toda amenaza.

Es perseguido por matar al Chancho y por desertor de la Guardia Civil; huye hasta dar con su dinero, 40000 dólares (que le da a Mercedes) y sus protectores, el gordo Iscariote, y sobre todo, su padrino, hombre poderoso.

Su padrino, posiblemente su padre (Carreño sólo tenía madre) consigue a Mercedes una cartilla electoral porque había perdido la suya y no podía salir del país, y ésta, con el consentimiento y el dinero de Carreño se marcha a EE. UU.

El padrino arregla también la situación de Carreño, reintegrándole en la Guardia Civil, y justificando la muerte del Chancho por colaborar con los colombianos.
Lituma esclarece el caso de las tres desapariciones gracias a la “bruja” Adriana y su marido el cantinero Dionisio, quienes están muy en contacto con las supersticiones de los serranos:

-Pishtacos: personas que se dedican a matar para llevarse sus víctimas a cuevas, colgarlos y extraerles la grasa. También se comen la carne seca y utilizan el polvo de los huesos para embrujamientos.

-Mukis: demonios de la sierra, que matan mineros por allanar la cordillera.
-Apus: divinidades de las peñas, montes, montañas… Cada promontorio del terreno tiene un apu, al que hay que ofrecer víctimas humanas para calmarlos si se atenta contra ellos.

Junto a la localidad donde se ubica la posta de Lituma y Carreño, y la cantina de Dionisio y Adriana (Adriana ayudó a su primer marido a matar a un pishtaco) se está construyendo una carretera, con lo que se está modificando el terreno.

Los asesinatos, por tanto, se deben a supersticiones de serranos y nada tienen que ver los del Sendero Luminoso, que causan otras muertes de las que no cabe ninguna duda. Esto se lo revela Adriana a Lituma.

La construcción de la carretera queda anulada por un huayco (avalancha) que por poco mata a Lituma y con lo que así se gana el aprecio de las gentes de la cantina.

El final es positivo en todos los casos: el Sendero no ha atacado la posta de los guardias civiles; el huayco ha parado la carretera y por tanto no habrá más sacrificios ni canibalismo (los brujos se comen a sus víctimas); y Mercedes regresa hasta allí, sola, ya enamorada de Carreño, para reencontrarse con él.